W 1806 r. doszło do zorganizowania czwartej koalicji antyfrancuskiej. W jej skład wchodziły Wielka Brytania, Prusy, Rosja i Saksonia. Wojska prusko-saksońskie rozgromił Napoleon w zasadzie już na początku wojny w dwóch bitwach stoczonych 14 X 1806 r. pod Jeną i w tym samym dniu pod Auerstsdt. Armia pruska prawie przestała istnieć. Wojska francuskie opanowały niemal bez oporu główne twierdze pruskie i Berlin. Nigdy przedtem ani potem nie udało się Napoleonowi osiągnąć tego, czego dokonał w ciągu jednego miesiąca jesienią 1806 r. – zburzył bowiem wówczas jedno z czterech wielkich mocarstw europejskich.

 

Po zwycięstwie nad Prusami Napoleon pragnął pokonać swego głównego wroga Wielką Brytanię. Ponieważ nie mógł tego dokonać militarnie, postanowił osłabić jej gospodarkę i zmusić w ten sposób do zawarcia pokoju. W tym celu w listopadzie 1806 r. wydał dekret o blokadzie kontynentalnej, na mocy którego państwa całkowicie lub częściowo podporządkowane Napoleonowi nie mogły utrzymywać z Wielką Brytanią stosunków handlowych, a nawet łączności pocztowej. Jednocześnie Napoleon wydał marszałkom rozkaz zawładnięcia całym wybrzeżem Morza Północnego i Morza Bałtyckiego. W tej sytuacji Wielka Brytania zwróciła się do Rosji, obiecując carowi Aleksandrowi I pomoc finansową, jeśli wznowi wojnę z Napoleonem, którego wojska posuwały się z Berlina na wschód. Od Rosji mogły, zatem odpaść Polska, Litwa, Białoruś a nawet Ukraina. Rosja nie mogła również, jak tego żądał Napoleon, zerwać stosunków handlowych z Wielką Brytanią, ponieważ była ona wielkim rynkiem zbytu dla rosyjskich płodów rolnych.

 

Chcąc uprzedzić armię rosyjską, która miała wyruszyć z Petersburga, Napoleon już pod koniec 1806 r. wkroczył do Wielkopolski, gdzie wybuchło powstanie. Rosjanie opuścili Warszawę, do której wskoczyli Francuzi. Napoleon ściągnął posiłki z Francji. Obie strony, czyli Rosja i Francja, dążyły, mimo zimy, do starcia. Stoczona 8 lutego 1807 z wojskami rosyjskimi krwawa bitwa pod Iławą Pruską nie została rozstrzygnięta. Francuzi ponieśli ciężkie straty. Napoleon postanowił przerwać operacje wojenne i podjąć je dopiero na wiosnę. Na początku maja 1807 r. armia Napoleona gotowa była do boju. Ofensywę rozpoczęła armia rosyjska. Napoleon zajął twierdz gdańską a przede wszystkim odniósł wspaniałe zwycięstwo pod Frydlandem w dniu 14 VI 1807 r., następnie opanował Królewiec. Aleksander I wyraził zgodę na zawarcie pokoju. Na tratwie pośrodku rzeki Niemen, niedaleko Tylży, obaj cesarze uzgodnili 28 czerwca warunki traktatu pokojowego. Ostatecznie pokój podpisano w Tylży 7-9 VII 1807 r. Do traktatu pokojowego nie zostały dopuszczone Prusy, choć właśnie one miały zapłacić Napoleonowi koszty wojny. Na zachodzie trąciły swoje ziemie aż po Łabę, a na wschodzie nabytki drugiego i trzeciego rozbioru Polski, z których utworzono Księstwo Warszawskie. Największe znaczenie miał dla Napoleona fakt, że Aleksander I zgodził się przyłączyć do frontu antyangielskiego i zamknąć swoje granice dla towarów angielskich. Cesarz Francuzów żywił wówczas nadzieje, iż sojusz z Rosją okaże się trwały.

 

Realizacja polityki wprowadzania blokady kontynentalnej, aby całkowicie odciąć Wyspy Brytyjskie od handlu z kontynentem, uwikłała Napoleona w politykę rozszerzania podbojów na coraz to nowe kraje. W 1807 r. podjął on próbę podporządkowania sobie Portugalii, w roku następnym usunął z tronu hiszpańskiego Burbonów. W 1808 r. na skutek interwencji Napoleona abdykowali król Karol IV i jego syn Ferdynand VII. Na tronie hiszpańskim Napoleon osadził swego brata Józefa. Ponadto usiłował rozciągnąć system blokady na oba kraje. Tak w Portugalii, jak i w Hiszpanii wybuchły powstania ludowe skierowane przeciwko obcej władzy. Dodatkowo na Półwyspie Iberyjskim wylądowały wojska angielskie. Główne działania wojenne trwały w Hiszpanii aż do czerwca 1813 r. przynosząc w konsekwencji cesarzowi klęskę militarną.