14 września 1998 roku Jan Paweł II opublikował encyklikę pod nazwą Fides et ratio (Wiara i rozum), podtytuł: O relacjach między wiarą a rozumem. Nazwa pochodzi od pierwszych słów „Wiara i rozum są jak dwa skrzydła, na których duch ludzki unosi się ku kontemplacji prawdy". Encyklika składa się z siedmiu rozdziałów, jej treść odnosi się do często stawianych przez człowieka pytań : Kim jestem? Skąd przychodzę i dokąd zmierzam? Dlaczego istnieje zło? Co czeka mnie po tym życiu? Papież próbuje podać na nie odpowiedz, ale jednocześnie sprzeciwia się relatywnemu pojmowaniu rzeczywistości. Pokazuje dwukierunkowość relacjach między wiarą i rozumem pisząc: „punktem wyjścia i pierwotnym źródłem dla teologii musi być słowo Boże objawione w dziejach, a ostatecznym celem nic innego jak zrozumienie tegoż słowa, stopniowo pogłębiane przez kolejne pokolenia”. Papież pisze również : „Jednym z największych zagrożeń jest dzisiaj, u kresu stulecia, pokusa rozpaczy” dlatego „należy doprowadzić ludzi do odkrycia własnej zdolności poznawania prawdy oraz tęsknoty za najgłębszym i ostatecznym sensem istnienia”.