Typowe dla humanizmu zainteresowanie życiem doczesnym różniło się od nauczania Kościoła, który głosił pogląd, że ziemski byt człowieka jest jedynie mało ważnym epizodem na drodze ku wieczności. Tego typu różnica stanowisk nie musiała nieuchronnie prowadzić do otwartego konfliktu. Idee humanizmu i typowe dla niego otwartość na dyskusje i odchodzenie od utartych stereotypów i schematów myślenia, a także nowe spojrzenie na otaczająca człowieka rzeczywistość, dostarczyła jednak argumentów krytykom Kościoła. U schyłku XV w. i w początkach XVI w. liczba osób domagających się jego reformy była już znaczna. Wpływ na to miał dostrzegalny wśród części duchowieństwa upadek obyczajów. Wielu ludzi, niezależnie od ich pozycji społecznej i wykształcenia, raził niezgodny z głoszonymi przez Kościół naukami styl życia duchownych, zamiłowanie do świeckich uciech, bogactw i godności. Krytyka nie oznaczała na ogół ataku na religię, była wezwaniem do odnowy życia religijnego. Kolejni papieże nie podejmowali skutecznych działań zmierzających do poprawy obyczajów i podniesienia poziomu moralnego duchowieństwa. Spowodowało to znaczny spadek ich autorytetu. W oczach wielu współczesnych papież przestał być duchowym przywódcą chrześcijaństwa, stał się jeszcze jednym świeckim władcą uwikłanym w polityczne rozgrywki, dążącym do zwiększenia własnych wpływów i dochodów. Niechęć wielu wiernych budziły też opłaty i podatki pobierane przez papiestwo. Szczególnie ostro krytykowano przynoszącą znaczne zyski sprzedaż odpustów umożliwiających za odpowiednią opłatą uzyskanie odpuszczenia grzechów. Przeznaczano je na pokrycie ogromnych wydatków związanych z przebudową Bazyliki św. Piotra w Rzymie.
Krytyka obyczajów duchowieństwa pojawiła się już w średniowieczu. Tym razem jednak jej zasięg był znacznie większy, dyskusja nie ograniczała się do obyczajów duchowieństwa i polityki papiestwa. Coraz częściej głośno wyrażano wątpliwości co do podstaw wiary głoszonych przez Kościół i sposobu objaśniania Biblii. Działo się tak na skutek działalności niektórych humanistów, którzy dzięki znajomości języków starożytności badali spisywane po hebrajsku i grecku pierwotne wersje Pisma Świętego.