Od początku XVII w. rywalizacja miedzy Rzeczpospolita i Szwecją miała za przedmiot nie tylko Inflanty w ramach rywalizacji o „dominium Maris Baltici”, lecz także koronę szwedzką. W 1598 r. Zygmunt Waza utrącił tę koronę, zdetronizowany przez swego stryja, protestanta Karola IX Sudermańskiego. Zapoczątkowało to trwający wiele dziesiątków lat konflikt pomiędzy dwiema liniami dynastii Wazów – protestancką w Szwecji i katolicką w Polsce.

 

W odpowiedzi na akt detronizacji Zygmunt III Waza ogłosił inkorporację szwedzkich Inflant,, Estonii do Rzeczpospolitej obiecaną w pactach conventach w 1600 r. Karol IX zaatakował wówczas Inflanty polskie. Strona polska nie była przygotowana do wojny. Brakowało pieniędzy na zaciąg odpowiedniej liczby żołnierzy. Mimo to wojska Rzeczpospolitej, dowodzone przez Jana Zamoyskiego, Krzysztofa Radziwiłła „Pioruna” i Jana Karola Chodkiewicza, zatrzymały postępy wojsk szwedzkich. Ważne zwycięstwo Polacy odnieśli w 1601 r. pod Kockenhausen, gdzie dowodził hetman litewski Krzysztof Radziwiłł „Piorun” i hetman Jan Karol Chodkiewicz. Jednak szczególnie znana jest bitwa pod Kircholmem w 1605 r. przyniosła wielki sukces czterotysięcznej armii Chodkiewicza, która rozbiła trzykrotnie silniejszą armię Karola IX. W bitwie główną rolę odegrała ciężka polska jazda – husaria.

 

W następnych latach Szwedzi wykorzystali zaangażowanie sił polskich w Rosji oraz walkę z najazdem turecko-tatarskim i dotarli do linii Dźwiny, zajmując Rygę w 1621 r. Sprzyjało im protestanckie mieszczaństwo Inflant, niechętnie odnoszące się do katolickiej szlachty w Korony i Litwy. W 1622 r. doszło do zawarcia rozejmu w Mitawie, w świetle którego Polska utraciła Inflanty po Dźwinę, wraz z Rygą.

 

W 1626 r. wojska nowego króla Szwecji, wybitnego wodza, Gustawa II Adolfa zaatakowały również Prusy Książęce i Królewskie, zdobywając szereg miast i twierdz oraz blokując Gdańsk. Wojna o ujście Wisły stanowiła drugorzędny front ogólnoeuropejskiego konfliktu, wojny trzydziestoletniej, w której Polska oficjalnie nie brała udziału. Wtargniecie Szwedów na Pomorze i sparaliżowanie handlu zbożowego skłoniło jednak szlachtę do zgody na wysokie podatki i do wystawienia wielkiej armii. Dowodzone przez króla Zygmunta III i hetmana Stanisława Koniecpolskiego wojska odniosły liczne sukcesy, nie złamały jednak szwedzkiej piechoty, wspieranej ogniem nowoczesnej artylerii. W 1627 hetman Stanisław Koniecpolski odzyskał Puck, w 1627 r. Polacy odnieśli zwycięstwo w bitwie morskiej pod Oliwa, a w 1629 r. zwyciężyli pod Trzciną. W tej sytuacji w konflikt szwedzko-polski włączyła się dyplomacja antyhabsburskiej koalicji, zainteresowana udziałem Szwecji w wojnie na terenie Niemiec. Za pośrednictwem Francji doszło do zawarcia rozejmu między Polską a Szwecją w Starym Targu w 1629 r. Na jego mocy szwedzkie załogi pozostały w zajętych już portach pruskich, zagarniając dochody z ceł. Gdańsk, zablokowany przez najeźdźcę, miał płacić Szwecji kilkuprocentowy podatek od ceł. Z uzyskanych w Prusach dochodów Gustawa II Adolf finansował swoje działania militarne na terenie Rzeszy. Śmierć Gustawa II Adolfa w 1632 r. i porażki Szwedów w Niemczech stworzyły dogodną sytuację dla Rzeczpospolitej i nowo obranego monarchy Władysława IV. Król polski rozpoczął budowę floty wojennej, portu na Helu, nazwanego od jego imienia Władysławowem oraz warsztatów okrętowych w Pucku. Wszystko po to, aby móc stawić czoło Szwedom również na morzu. Szlachta nie chciała jednak podjąć nowego wysiłku wojennego. Tym bardziej przeciwna była ponoszeniu stałych wydatków na flotę. Sądziła, że flota wojenna posłużyć by mogła Władysławami do wzmocnienia władzy królewskiej i prób odzyskania tronu szwedzkiego.

 

W atmosferze nie sprzyjającej planom króla komisarze polscy prowadzący rokowania ze Szwedami w Sztumskiej Wsi, zawarli w 1635 r. dwudziestosześcioletni rozejm. Zgodnie z jego postanowieniami, Szwedzi wycofali się z miast pruskich i zrezygnowali z ceł, w zamian za to utrzymali nabytki w Inflantach.

 

Do odnowienia konfliktu ze Szwecją doszło w drugiej połowie XVII w. Król szwedzki Karol X Gustaw był zwolennikiem ofensywnej polityki bałtyckiej. Gdy w 1654 r. wybuchła wojna polsko-rosyjska monarcha szwedzki miał do wyboru dwa warianty wykorzystania sytuacji. Mógł wystąpić przeciwko Rzeczypospolitej w przymierzu Kozakami i Moskwą lub też zaatakować Rosję, groźnego dla Szwecji przeciwnika w Inflantach, stając tym samym po stronie Polski. Za uderzeniem na Rosję przemawiała jej wzrastająca potęga. Rzeczpospolita natomiast stanowiła łup znacznie łatwiejszy ze względu na konflikty wewnętrzne i wojnę na wschodzie.

 

O takim stanie rzeczy informował Szwedów uciekinier z Polski, magnat Hieronim Radziejowski. Wskutek jego zdrady król szwedzki wiedział o istnieniu opozycji magnackiej przeciw Janowi Kazimierzowi oraz o tym, że szlachta nie jest przygotowana do wojny i że łatwo pogodzi się ze zmianą na tronie polskim. Informacje te ułatwiły Karolowi Gustawowi podjęcie decyzji o ataku na Polskę.

 

W 1655 r. wojska szwedzkie wkroczyły do Rzeczpospolitej z Pomorza i Inflant. Wielkopolskie pospolite ruszenie wraz z dowódcami poddało się bez walki pod Ujściem w lipcu 1655 r. W następnym miesiącu hetman litewski Janusz Radziwiłł i jego brat Bogusław poddali Litwę władzy szwedzkiej, podpisując stosowna ugodę w Kiejdanach.

Błyskawiczna kampania wojenna Karola Gustawa zakończyła się opanowaniem przez Szwedów Warszawy, Krakowa, choć tu przez miesiąc bronił się Stefan Czarniecki i innych ważniejszych miast i twierdz. Jan Kazimierz wraz z królową uciekł na Śląsk, a wojska koronne przeszły na stronę zwycięskiego Karola Gustawa.

 

O dalszym rozwoju sytuacji w znacznym stopniu przesadziły czynniki wyznaniowe i ekonomiczne. Uprzywilejowane grupy społeczne, czyli magnaci, szlachta i kler, liczyły na zachowanie dotychczasowej pozycji, to jest zwolnienie z podatków, sprawowanie władzy politycznej, wolność religijną i osobistą. Tego samego oczekiwała również grupa różnowierców, która skupiła się przy dowództwie szwedzkim w nadziei na przychylną politykę wyznaniową protestanckiego najeźdźcy.

 

Szwedzi tymczasem, po okresie respektowania umów z Polakami, przystąpili do grabienia kraju. Wymuszali od całego społeczeństwa ogromne sumy, nie oszczędzając ani kleru, ani kościołów i klasztorów. Katedra krakowska ośmiokrotnie okładana była rekwizycjami. Statki załadowane dziełami sztuki, zbiorami bibliotecznymi, meblami i kosztownościami płynęły do Szwecji. Cześć pieniędzy Szwedzi przeznaczyli na opłacenie wojsk polskich pozostających w ich służbie.

 

Doprowadziło to rychło do wybuchu antyszwedzkiego powstanie już jesienią 1655 r. Wzięli w nim udział chłopi, szlachta i część wojsk koronnych. Bohaterska obrona klasztoru jasnogórskiego, trwająca od listopada do grudnia 1655 r., wyzwoliła religijną motywację oporu wobec Szwedów. Przyspieszyła również zawiązanie konfederacji, stawiającej sobie za cel wypędzenie Szwedów z Polski. Doszło do tego w Tyszowcach w dniu 31 grudnia 1655 r.

 

Sukcesy partyzantki polskiej zachęciły Jana Kazimierza do powrotu do kraju w styczniu 1656 r. Po przybyciu do Lwowa król złożył w katedrze ślubowanie, w którym obiecał polepszenie sytuacji ludu. Pragnął w ten sposób zachęcić plebejuszy do masowego udziału w dalszej wojnie.

 

W 1657 r. sytuacja skomplikowała się. Karol Gustaw wszedł bowiem w porozumienie z elektorem brandenburskim, księciem Siedmiogrodu i Kozaczyzną, proponując im udział w rozbiorze Rzeczpospolitej w zamian za pomoc zbrojną, był to traktat zawarty w Radnot w 1656 r. Terytorium polskie stało się obiektem kolejnego najazdu, tym razem siedmiogrodzkiego. Dzięki zdolnościom dowódczym regimentarza Stefana Czarnieckiego i hetmana Jerzego Lubomirskiego, który poprowadził odwetową wyprawę na Siedmiogród udało się wyprzeć Szwedów i Siedmiogrodzian z terytorium Rzeczypospolitej.

 

Elektor brandenburski natomiast, za cenę zrzeczenia się przez Polskę zwierzchnictwa nad Prusami Książęcymi, odstąpił od sojuszu ze Szwedami. Traktatu zawarte w Welawie i Bydgoszczy w 1657 r. przyznawały brandenburskiej linii Hohenzollernów w pełni suwerenną władzę w Prusach Książęcych.

 

Traktat pokojowy zawarto ze Szwecją w Oliwie w dniu 3 maja 1660 r. Zakończył on zmagania okresu tak zwanego „potopu”. W świetle traktatu pokojowego większość Inflant miały należeć do Szwecji, do Polski zaś jedynie południowo-wschodnia ich część wraz z tzw. Kurlandią, Szwedzi mieli zwrócić Polsce zagarnięte łupy wojenne, choć nigdy nie zrealizowano tego postanowienia, Szwedzi również mieli zagwarantować wolność handlu na Bałtyku, Jan Kazimierz zrzekł się praw do tronu w Szwecji, potwierdzono też traktaty welawsko-bydgoskie. Za utrzymanie integralności narodowej i terytorialnej zapłaciła Polska ruiną gospodarczą i osłabieniem politycznym państwa.