W dniu 4 VII 1946 roku doszło do tragicznego pogromu Żydów w Kielcach. Przyczyną zajść, w których mieszkańcy miasta zamordowali 42 Żydów, był antysemityzm ożywiony niechęcią do osób pochodzenia żydowskiego we władzach, choć poszlaki wskazują, iż pogrom kielecki zainspirowały organy bezpieczeństwa, które chciały skompromitować społeczeństwo polskie. Bezpośrednim jednak powodem zajść były pogłoski, że Żydzi zamordowali dziewięcioletniego Henryka Błaszczyka. Zemsta dotykała żydowskich mieszkańców Kielc, ale także podróżnych wyciąganych z pociągów przejeżdżających przez Kielce. Spośród 62 aresztowanych 12 oskarżono o bezpośredni udział w pogromie, 9 z nich skazano na karę śmierci. Wystąpienia antyżydowskie na mniejszą skalę miały miejsce w Krakowie, Tarnowie i Rzeszowie. Jednak to wydarzenia kieleckie wywołały masową emigrację ludności żydowskiej, ocenia się, że tylko w sierpniu 1946 roku Polskę opuściło, 33 tys. Żydów.
Komuniści wykorzystali omawiane wydarzenia do walki politycznej i odrzucili wniosek PSL o wysłanie do Kielc komisji KRN do zbadania sprawy. Gdy PSL potępiło pogrom kielecki, cenzura zdjęła tekst rezolucji, co umożliwiło propagandzie PPR ataki pod pretekstem, iż PLS milczy, czyli popiera sprawców mordu.
Kolejnym bardzo ważnym momentem w dziejach stosunków polsko – żydowskich jest kryzys 1968 roku. W dniu 11 marca 1968 roku „Trybuna Ludu” opublikowała artykuł „Wokół zajść na Uniwersytecie Warszawskim”, w którym sugerowano, iż inspiratorami zajść byli studenci pochodzenia żydowskiego, z reguły dzieci wysokich urzędników PRL. Stanowiło to po części prawdę, gdyż najaktywniejsi działacze ruchu studenckiego, zwani czasem komandosami, byli nierzadko pochodzenia żydowskiego, natomiast propaganda moczarowska jak gdyby nie zauważała, iż ich demokratyczne hasła i dążenia znajdowały szerokie poparcie społeczne. Brutalną akcję sił porządkowych tłumaczono potrzebą obrony interesów socjalistycznych i narodowych, ponadto „Trybuna Ludu” sugerowała, że syjoniści wysługiwali się antypolskiej polityce RFN. W tym samym dniu podczas posiedzenia partyjnego aktywu stolicy podobną wersję wypadków zaprezentował I sekretarz KW w Warszawie Kępa, który tłumaczył obłudnie, że jest przeciwny antysemityzmowi, ale nie pozwoli by syjoniści bronili swych poczynań pod hasłami nietykalności Żydów.
Władze ostatecznie rozgromiły marcowy ruch demokratyczny. Wydarzenia stały się pretekstem do rozpoczęcia nagonki antysemickiej i antyinteligenckiej. Do końca marca 1968 roku z PZPR wyrzucono 8,3 tys. osób a 80 funkcjonariuszy strąciło stanowiska. Wielu Polaków żydowskiego pochodzenia, którzy ulegli już asymilacji, a zwłaszcza ich dzieci, dowiadywały się nagle, że są „tylko” Żydami, niepożądanymi w Polsce. Szczególną rolę w antysemickiej nagonce odegrali propagandziści zwiani z frakcją moczarowską, tacy jak Kazimierz Kąkol, Ryszard Gontarz, Henryk Gaworski, Ignacy Krasicki i Witold Filer, a także niektórzy członkowie PAX – u. Czystki dotknęły zresztą nie tylko funkcjonariuszy pochodzenia żydowskiego, ale również „nieprawomyślnych” polskich działaczy komunistycznych tamtych czasów.