Przeciwnikami reformowania Rosji w duchu europejskim były Kościół prawosławny z patriarchą Adrianem na czele. W 1700 r. po jego śmierci car Piotr I nie zezwolił na wybór nowego patriarchy. Godność ta uległa likwidacji w 1721 r. Na czele Kościoła stanął car. Do administrowania Cerkwią Piotr I powołał dwunastoosobowy organ pod nazwą Święty Synod. Do niego od tej pory należał interpretacja dogmatów, wydawanie rozporządzeń, które dotyczyły liturgii, organizacji Cerkwi i klasztorów. Synod zarządzał kościelnym majątkiem. Do niego także należała cenzura kościelna. Na jego czele stal mianowany przez cara prezydent. Powstał także przy Synodzie urząd ministra spraw duchownych. Za pomocą tych zarządzeń i zmian, Cerkiew została pozbawiona niezależności. Podporządkowano ją władzy carskiej. Biskupi byli mianowani przez cara, po czym wyświęcał ich Synod. Carskie władze objęły także nadzór na kościelnymi posiadłościami ziemskimi. W 1764 r. już za panowania Katarzyny II przeprowadzono sekularyzację dóbr kościelnych i klasztornych.