Na terenie państwa polskiego wyodrębniły się cztery kierunki reformacyjne:
- luteranizm objął Prusy Królewskie i Wielkopolskę – wyznawcami była głównie szlachta,
- kalwinizm objął Małopolskę i Litwę – wyznawcami była szlachta i magnateria,
- bracia czescy objął tereny południowej Wielkopolski – zainteresowanie przejawiali głównie emigranci religijni z Czech,
- arianie rozprzestrzenili się na Małopolsce głównym ośrodkiem był Raków – drobna szlachta, rzadziej chłopi byli najbardziej zainteresowani nowym wyznaniem .
Na ziemiach polskich znaleźli również czasowe schronienie menonici, byli oni sekta antybaptystyczną, odrzucali chrzest dzieci, odmawiali noszenia broni, służby wojskowej, sprawowania urzędów i składania przysięgi, nie uznawali hierarchii kościelnej. Na co dzień żyli w ascezie i ściśle według reguł religijnych. Menonici osiedlili się na terenie Żuław, w Elblągu, Toruniu i Malborku.
Przyczyny występowania ruchów reformacyjnych w Rzeczypospolitej i na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego były następujące:
- polityka fiskalna Kościoła tzn. ściąganie podatków od wiernych np.: dziesięcina oraz świętopietrze,
- Kościół miał wysoką pozycje ekonomiczną, często konkurencyjna wobec szlachty,
- rozwój idei humanizmu oraz pojawienie się nowego spojrzenia na religię,
- zainteresowanie szlachty nowinkami religijnymi, napływającymi z zachodu,
- zaniedbania moralne w środowisku duchownych.
Pierwsze nowinki religijne pojawiły się w Rzeczypospolitej za czasów panowania Zygmunta Starego (1467-1548), głównie były to poglądy luterańskie. Pierwsze hasła reformacyjne dotarły do Rzeczypospolitej około 1520 roku i spotkały się z zakazem ich szerzenia. Król pod kara konfiskaty dóbr i banicji zakazał głoszenia haseł Lutra. Na terenie Pomorza i Prus najszybciej nowinki religijne przyjęli przedstawiciele szlachty oraz krzyżacy, którzy pod wpływem poglądów Lutra dokonali sekularyzacji zakonu. Następnym terenem gdzie reformacja, a szczególnie luteranizm znalazła zainteresowanie była Wielkopolska.
Na obszarach Małopolski dużą popularnością cieszyły się poglądy Jana Kalwina, który dzięki korespondencji osobiście nadzorował rozwój tego ruchu na ziemiach polskich. Bardzo chętnie, szczególnie szlachta przechodziła na kalwinizm niszcząc Kościoły, zamieniając ich na zbory, paląc przedmioty kultu religijnego, zakazując płacenia dziesięciny. Często dochodziło do przypadków rezygnacji z życia zakonnego na rzecz nowych form religijnych.
W 1552 roku w związku z rozwojem ruchów reformacyjnych powstał projekt powołania w Polsce Kościoła narodowego, prawdopodobnie pomysłodawcą był Jan Łaski młodszy. Jednak pomysł ten ze względu na brak aprobaty papieża nie rozpowszechnił się na tyle, aby zagrozić Kościołowi katolickiemu. W 1561 roku Zygmunt II August został oficjalnie protektorem państwa luterańskiego na terenie Kurlandii. Rok później tj w 1562 doszło do rozłamu wśród kalwinów na dwie części tj zbór większy kalwiński i zbór mniejszy – ariański. Arianie nazywani byli także braćmi polskimi, antytrynitarzami lub Socynami, odegrali dużą rolę wśród ruchów różnowierczych posiadając takich przedstawicieli jak np.: pochodzący z Włoch Faust Socyn, który był teologiem, pisarzem, poeta, przyczynił się do stworzenia nowoczesnej na ów czas koncepcji państwa demokratycznego. Arianie zakładali wiele szkół, najsłynniejsza z nich to Akademia w Rakowie, założona w 1602 roku przez Jakuba Sienieńskiego, do której przyjeżdżała młodzież niemalże z całej Europy Zachodniej. Największy rozkwit tej uczelni przypadł na lata 1616 1630, kiedy to uczyło się w niej niemal 1000 uczniów, Akademia Rakowska zyskał miano Sarmackich Aten. Szkoła przetrwała do 1638 roku. W Rakowie obok Akademii funkcjonowała również oficyna wydawnicza oraz gmina ariańska.
Arianie za podstawę swej wiary uważali Biblię. Nie uznawali dogmatu o Trójcy Świętej, stąd nazywano ich antytrynitarzami, ponieważ byli zwolennikami chrztu przez całkowite zanurzenie nazywano ich ponurzeńcami lub nurkami. Byli zwolennikami tezy o laickości Jezusa Chrystusa, nie uznawali Jego Boskiej części, nosili odznaki z napisem „Jezus – Człowiek”. Arianie ze względu na swoje poglądy nie mogli sprawować urzędów, służyć w wojsku, korzystać z pańszczyzny, uznawali równość i braterstwo wszystkich stanów, byli pacyfistami. W 1658 roku sejm Rzeczypospolitej wydał dekret nakazujący przejście braci polskich na katolicyzm lub opuszczenie kraju, dla wielu z nich oznaczało to wprost emigracje na Zachód Europy.
W 1570 w Sandomierzu roku pomiędzy polskimi różnowiercami (luteranie, kalwini i bracia czescy z wyjątkiem arian) doszło do podpisania umowy, w celu wzmocnienia współpracy oraz obrony przed kontrreformacją. Uznano za konieczne wspólne zwołanie synodu, podczas którego należało ustalić taktykę postępowania w obronie wolności wyznaniowej. Sojusz pomiędzy różnowiercami był wskazany ze względu na coraz większe sukcesy kontrreformacji i sprowadzenie przez Stanisława Hozjusza do Polski w 1564 roku zakonu jezuitów.
Trzy lata później w 1573 roku doszło do podpisania porozumienia pomiędzy katolikami, a protestantami w Warszawie, nazywano to postanowienie konfederacją warszawską i jak wynika z dalszych faktów była ona pierwszym w Europie aktem wykazującym na tolerancję religijna i równouprawnienie wyznań. Stan taki nie trwał jednak zbyt długo, bowiem w 1668 roku sejm Rzeczypospolitej przyjął dokument zakazujący pod karą śmierci odstępstwa od wiary katolickiej – był to ewidentny sukces kontrreformacji.
- Ruchy religijne na terenach Polski