Geneza utworu
W 1884 r. redaktor „Tygodnika Powszechnego” zamówił u Orzeszkowej powieść społeczną, która miała dotyczyć dwóch spraw: konfliktu międzypokoleniowego oraz wzajemnych relacji między dwoma różnymi stanami społecznymi – ziemiaństwem i szlachtą zagrodową. Motywy te wykorzystała pisarka w powieści, jednakże główna idea utworu kształtowała się pod wpływem miejsc i ludzi, wśród których obracała się autorka.
Bardzo często Orzeszkowa bywała w Miniewiczach. Ich właściciel, Jan Kamieński, powrócił właśnie z zesłania za udział w powstaniu styczniowym. Kontakty pisarki z nim i jego rodziną wpłynęły na rozszerzenie – o wątek patriotyczny – pierwotnej wersji powieści.
Pisarka spędzała w Miniewiczach każde wakacje. Odbywała m.in. spacery do pobliskiego zaścianka Bohatyrowiczów oraz grobowca Jana i Cecylii. Zapisywała zasłyszane baśni tego regionu, przysłowia ludowe i teksty pieśni (np. w powieści jest to pieśń Ty pójdziesz górą, ty pójdziesz górą, a ja doliną… czy szczegółowy opis obrzędu weselnego). W krajobrazie nad Niemnem odnajdowała ukojenie, ale i wzbudzał się w niej podziw nad światem i ludźmi tam mieszkającymi.
Nad Niemnem było drukowane w odcinkach cały 1887 rok. W marcu 1888 r., tj. w 25. rocznicę wybuchu powstania styczniowego (powstanie na Litwie rozpoczęło się 3 marca 1863 r.) Orzeszkowa usilnie zabiegała o książkowe wydanie powieści w całości. Udało się. Tym przedsięwzięciem uświetniła pisarka rocznicę powstania.
Na genezę powieści złożyły się także uwarunkowania społeczno-polityczne tego czasu. Ważny okazał się m.in. fakt, iż pod koniec XIX wieku spadała liczba gospodarstw należących do osób polskiego pochodzenia. Nie wolno było Polakom kupować ziemi. Postępowa prasa piętnowała każdy przypadek sprzedaży ziemi przez rodaków. W związku z tym, że w obce ręce przeszła też rodzinna ziemia Orzeszkowej, pisarka z pełną świadomością głosiła hasło utrzymania ziemi (w powieści jest to wątek Benedykta Korczyńskiego, który za główne zadanie swojego życia przyjął walkę o utrzymanie ziemi, by nie dostała się w ręce Rosjan).
Znaczącym problemem tych czasów zaczęła stawać się też sprawa tożsamości narodowej, zachowanie jednolitości kulturowej oraz usuwanie przyczyn konfliktów społecznych. Orzeszkowa zareagowała szybko – wprowadziła do swojej powieści wątki, które dotykają tej problematyki (tożsamość narodowa: legenda o Janie i Cecylii; jednolitość kulturowa: negatywna kreacja kilku bohaterów celem wyrażenia sprzeciwu wobec kosmopolityzmu i braku patriotyzmu, m.in. wątek Zygmunta i Dominika Korczyńskich czy Teofila Różyca; pojednanie narodowe: małżeństwo Justyny Orzelskiej, krewnej Korczyńskich, z Janem Bohatyrowiczem).
Osobnym i ważnym faktem jest także stosunek Orzeszkowej do powstania styczniowego, które stało się dla niej przeżyciem przełomowym. Spotykała się z gronem młodych ludzi o dążeniach niepodległościowych i demokratycznych. Brała aktywny udział w zebraniach i dyskusjach poprzedzających powstanie, widziała na własne oczy manifestacje uliczne. Dlatego też klęskę powstania odebrała jako druzgocącą klęskę swojego życia. Wielu jej krewnych i przyjaciół zginęło. Męża zesłano na Sybir, a majątek jej skonfiskowano.