W Warszawie, 25 września 1953 roku, trwały uroczystości kościelne z okazji święta patrona stolicy. Kard. Wyszyński zajęty cały dzień, wrócił do domu dopiero o 21.30. i właśnie o tej porze pojawili się funkcjonariusze UB, którzy nakazali prymasowi wziąć najpotrzebniejsze rzeczy, po czym wywieźli go do Rywałdu, pierwszego miejsca odosobnienia. W byłym klasztorze oo. Kapucynów kardynał był pilnie strzeżony, nie mógł nawet odprawić, obowiązującej kapłana co dzień, mszy św. Tę możliwość otrzymał po interwencjach u komendanta, 1 października. Dni odosobnienia wypełniała mu modlitwa i obchodzenie świąt kościelnych oraz czytanie książek, które przywieziono mu na jego prośbę z domu. 12 października został przewieziony do Stoczka Warmińskiego, gdzie uwięzieni byli też ks. kapelan Stanisław Skorodecki i siostra zakonna, Maria Leonia Graczyk. Spotykali się na wspólnych modlitwach i przy posiłkach. Dostarczono ks. prymasowi rzeczy niezbędne do urządzenia kaplicy, o które prosił komendanta. Złożył też na jego ręce zażalenie odnośnie uwięzienia i pogwałcenia konstytucyjnego prawa do wolności. Mógł wreszcie napisać list do swego ojca, ale ponieważ nie otrzymał odpowiedzi, domyślił się, że listy nie są doręczane. 15 marca 1954 r. otrzymał część książek, o które prosił jeszcze w październiku. Pogarsza się stan zdrowia prymasa z powodu zimna i innych niedogodności, bo żeby móc wyjść na spacer sami uwięzieni musieli odśnieżać, a w celach palić w piecach. 17 kwietnia otrzymał list od ojca, a w zasadzie fragmenty, bo list cały był posklejany, ponieważ powycinano jakieś treści. W paczce otrzymał też trochę lekarstw. Prymas cały czas pisze listy pasterskie, rozmyślania itp. 7 października przewożą kardynała oraz księdza Skorodeckiego i siostrę Marię Leonię do Prudnika Śląskiego. Nowemu komendantowi przedstawia roszczenia, na które daremnie oczekuje odpowiedzi ze strony rządu. Koresponduje z ojcem i siostrą. Listy jego są ojcu czytane i zabierane z powrotem przez UB. Otrzymuje sfałszowane, bardzo dobre wyniki zdrowia, które nie pokrywają się z dolegliwościami prymasa, który czuje się źle. Dowiaduje się też o ciężkiej chorobie ojca, ale nie otrzymuje zezwolenia na widzenie się z nim. Podobnie jak w poprzednich miejscach dużo pisze. 7 sierpnia 1955 r. otrzymuje od rządu propozycję zamieszkania w izolacji klasztornej, ale odrzuca ją. 28 października zapada decyzja o przeniesieniu do Komańczy. Od 29 października 1955 roku przechodzi pod opiekę episkopatu Polski i bpa Klepacza. W Komańczy mogą go już odwiedzać przedstawiciele władz kościelnych i księża. Na Wielkanoc 1966 przyjechały nawet siostry prymasa. Tu też ma możliwość przejrzenia prasy, w której postawiono mu zarzut wrogości w stosunku do ruchu robotniczego i sprzyjanie hitleryzmowi. Przytoczono wszelkie publikacje prymasa, w których opowiadał się przeciwko komunizmowi. Księża przywieźli mu też wiadomość o śmierci Bolesława Bieruta. 26 października 1956 roku pojawił się minister sprawiedliwości, Zenon Kliszko i poseł Bieńkowski. Omówiono warunki powrotu ks. Prymasa do Warszawy. W dwa dni później, 28 października 1956 roku, prymas objął urzędowanie i wrócił do swoich obowiązków duszpasterskich.